Sitia a fost fondată de minoici, (civilizația minoică a fost o civilizație care a apărut pe Insula Creta în Epoca Bronzului mijlociu),sub numele de Itia și a fost un loc de refugiu pentru cretanii nativi ,după căderea principalelor așezări minoice.Orașul a continuat să prospere în perioadele clasică, elenistică, romană și bizantină, fiind unul dintre principalele porturi ale insulei. Ulterior după cucerirea Cretei în anul 1204 de către venețieni, orașul extins și fortificat a fost folosit ca bază de operațiuni în Mediterana. Sitia are legături maritime cu Heraklion, Santorini, Pireu și alte insule din Marea Egee.